豪右据上游，水不得泄，而民不敢诉。尝建请疏盘龙汇、沪渎港入于海，民赖其利。以右正言知制诰，知审官院，判国子监。
时陕西用兵，上言：“当今将不素蓄，兵不素练，财无久积。小有边警，外无骁将，内无重兵。举西北二垂观之，若濩落大瓠，外示雄壮，其中空洞，了无一物。脱不幸戎马猖突，腹内诸城，非可以计术守也。自元昊僭窃，因循至于延州之寇，中间一岁矣。而屯戍无术，资粮不充，穷年畜兵，了不足用，连监牧马，未几已虚。使蚩蚩之甿无所倚而安者，此臣所以孜孜忧大瓠之穿也。今羌戎稍却，变诈亡穷，岂宜乘即时之小安，忘前日之大辱？又将泰然自处，则后日视今，犹今之视前也。”
元昊围延州，既解去，钤辖内侍卢守勤与通判计用章更讼于朝。时内侍用事者，多为守勤游说，朝廷议薄守勤罪，而流用章岭南。清臣上疏曰：“臣闻众议，延州之围，卢守勤首对范雍号泣，谋遣李康伯见元昊，为偷生之计。计用章以为事急，不若退保鄜州，李康伯遂有‘死难，不可出城见贼’之语。自元昊退，守勤惧金明之失、二将之没，朝廷归罪边将；又思仓卒之言，一旦为人所发，则祸在不测。遂反覆前议，移过于人，先为奏陈，冀望取信。正如黄德和诬奏刘平，欲免退走之罪。寻闻计用章亦疏斥守勤事状，诏文彦博置劾，未分曲直，而遽罪用章、康伯，牲赦守勤。此必有议者结中人、惑圣听，以为方当用师边陲，不可轻起大狱。臣观前史，魏尚、陈汤虽有功，尚不免削爵，罚作案验吏士。何况拥兵自固，观望不出，恣纵羌贼，破一县，擒二将。大罪未戮，又自蔽其过，矫诬上奏，此而不按，何罪不容？设用章有退保之言，止坐畏懦；而守勤谋见贼之行，乃是归款。二者之责，孰重孰轻，望诏彦博鞫正其狱。苟用章之状果虚，守勤之罪果白，用章更置重科，物论亦允。无容偏听一辞，以亏王道无党之义。”其后狱具，守勤才降湖北兵马都监。
时西师未解，急于经费，中书进拟三司使，清臣初不在选中。帝曰：“叶清臣才可用。”擢为起居舍人、龙图阁学士、权三司使公事。始奏编前后诏敕，使吏不能欺，簿帐之丛冗者，一切删去。内东门、御厨皆内侍领之，凡所呼索，有司不敢问，乃为合同以检其出入。清臣与宋庠、郑戬雅相善，为吕夷简所恶，出知江宁府。逾年，入翰林学士，知通进银台司、勾当三班院。丁父忧，言者以清臣为知兵，请起守边。及服除，宰相陈执中素不悦之，即除翰林侍读学士、知邠州。道由京师，因请对，改澶州，进尚书户部郎中、知青州。徙知永兴军，