。周童乞以王安石配享神宗庙，雍言：“安石持国政，不能上副属任，非先帝神明，远而弗用，则其所败坏，可胜言哉！今穜以小臣辄肆横议，愿正其罪。”从之。
使契丹还，徙右谏议大夫，言：“朝廷重内轻外，选用牧伯，罕辍从班，以阀阅轻浅者充员，不复为来日虑。愿自今稍积资望，以惭试之。”吴中大饥，方议振恤，以民习欺诞，敕本部料检，家至户到。雍言：“此令一布，吏专料民而不救灾，民皆死于饥。今富有四海，奈何谨圭撮之滥，而轻比屋之死乎？”哲宗悟，追止之。
侍御史贾易沽激自喜，中丞赵彦若懦不自立，雍并论之，遂罢易，左转彦若，以雍为中丞。雍辞曰：“中丞以臣言去而身承其乏，非所以厚风俗也。”不许。时二府禁谒加严，雍叹曰：“旁招俊乂，列于庶位，宅百揆职也。彼有足不及公卿之门者，犹当物色致之，奈何设禁若是！且二府皆天子所改容而体貌之者，乃复防闲其私如此乎？”於是援贾谊廉耻节行之说以谏，诏弛其禁。
刑部谳囚，宰执论杀之，有司以为可生，不奉诏，得罪。雍言：“是固可罪，然究其用心，在於广好生之德耳，若遽以为罪，臣恐邻於嗜杀。今使有司欲杀而朝廷生之，犹恐仁恩德意不白於天下，而况反是者哉！”哲宗嘉纳，囚遂得生。
初，邢恕以书抵宰相刘挚，挚答之，有‘自爱以俟休复’之语，排岸司茹东济录书示雍与殿中侍御史杨畏，雍、畏释其语曰：“‘俟休复’者，俟他日太后复辟也。”遂并以此事论挚威福自恣，乞罢之以收主柄。又论王严叟、朱光庭、梁焘等三十人皆为挚党，以闭其援。及挚出知郓州，光庭方为给事中，缴还挚麻词，严叟、焘力救之，哲宗以先入之言，不纳。雍之攻挚，人以为附左相吕大防也。又有请暴挚阴事者，雍曰：“吾为国击宰相，非仇挚也。彼之阴事，何有於国哉？”置不以闻。
拜尚书右丞，改左丞。雍在政地，哲宗称其事上有礼。绍圣初，治元祐众臣，雍顿首自列，哲宗明其亡他心，谕使勿去。周秩乘隙抵之，谓雍初为侍从时，因徐王私於权臣以进。哲宗怒曰：“此是何言也！使徐王闻之，岂能自安？”黜秩知广德军，敕银台毋受雍辞去奏章，东府吏毋听雍妻子辄出，且令学士钱勰善为留诏。二年，始以资政殿学士知陈州，徙北京留守。
初，章惇以白帖贬谪元祐臣僚，安焘争论不已，哲宗疑之。雍欲为自安计，谓惇曰：“熙宁初，王安石作相，常用白帖行事。”惇大喜，取其案牍怀之，以白哲宗，遂其奸。雍虽以此结惇，然卒罢政，坐元祐党，夺职知