神庙北端，在这里他们遇到了被城内起义部队击溃的都署卫队，误认为城内起义已经成功，即高扬白旗。但此举被张勋的江防营部署在雨花台的守军发现，守军当即发炮猛击新军部队，由于补给不足。新军奋战到晚上已筋疲力尽，弹尽粮绝。
幸亏当时天黑之后天降大雾。这为新军的撤退提供了庇护良机，经过收容整顿后。徐绍桢率大部分部队沿着句容大道退往镇江。在这次起义中，马队伤亡300余名，三十四标死400余名，三十三标300余名，炮标10余名，连工程队等，共计不下一千余名。
与徐绍桢等人率部进攻南京不利后撤退的情况不同，镇江方面在第九镇第十八协协统孙铭的率领下一举攻克了镇江，并歼灭了镇江城内的旗兵万余人，随后宣布镇江光复，成立镇江军政府，可在由谁当任镇江军政府都督的问题上，革命党内部发生了严重的分歧，同盟会等人一致推举三十六标一营管带林述庆出任都督一职，可他的职位才是一个营管带，而这次起义是由十八协统孙铭统领指挥的，无论是在职务还是在军中的声望上，林述庆都远远不如孙铭，不过林述庆是同盟会的人，孙铭虽然是在铁血救国党的策反下发动起义的，但他不是铁血救国党的党员，他是无党派人士，在这个时期，有没有党派是极为重要的，就好比率部攻陷上海县城的李英石，因为他不是革命党的人，在推举上海都督的问题上，他连候选人的资格都没有。
在由谁当任镇江军政府都督的问题上，革命党内部有了严重的分歧，铁血救国党的人当然是支持孙铭的，而同盟会内部有一部分认为林述庆在军中的威望不足，难以服众，因此认为都督由孙铭来当最好，而其他大部分同盟会人认为孙铭不是革命党人，不能把刚刚从清廷手上光复的镇江交到不是革命党人的手上，这是对革命的不负责任，这种说法和理由在这个时候是很有市场的。
经过一天的商谈和妥协，最后采取了折中的办法，由林述庆任镇江都督，由孙铭任副都督，林述庆统领同盟会革命党基础较好的三十六标，由孙铭统领三十五标。另外俘虏的清军巡防营等3000多士兵一分为二，两个标各自得一半，此事才算让几方满意。
上海光复后，各路人马为这个上海都督的位置可谓是进行了激烈的争夺，甚至还上演了全武行，当着江淮工商界和各界代表大打出手。
11月4日这天，各革命党组织头面人物、与上海地方各界人士，便在小东门内海防厅连日召开大会，讨论**后的措施。大家都认为上海地方重要，必须推举一个有能力统领军政