申时行等人办理北直隶的水利兴修，对于大明的地方情况也基本有了一个了解，但是过于军国大事，尤其是涉及到和战的决策，朱翊釴相对还是缺乏经验。
朱载坖问道：“太子怎么看倭国的事情啊？”
最近大明朝廷的重要事情就是有关和倭国的和战问题，对此事官员们是议论纷纷，对于倭国的种种不恭顺的行为，大明官员们是极为愤怒的，不少人上疏朱载坖，要求出兵征讨倭国，严惩倭国这帮不忠不义的乱臣贼子，当然也有一些官员们认为倭国远在海外，大明官军征讨不易，还是要以外交手段为主，能够不战而屈人之兵是最好不过的事情。
对于这些官员们的看法，朱载坖一直都没有决定，现在用此事来问朱翊釴，确实是有些考校的意思在其中，面对朱载坖的询问，朱翊釴思索斟酌了之后说道：“父皇，儿臣以为，对倭国征讨，确实是需要慎重。”
朱载坖并没有什么表情，直接说道：“太子说说你怎么想的。”
朱翊釴的看法是，倭国的无礼僭越，确实是要予以严惩的，但是大动干戈，是否合适？是一件值得商榷的事情，倭国现在处于战乱之中，其所谓的朝廷，也不过是名存实亡罢了，各地都是藩镇割据的状态，在这个时候，大明要做的就是利用这些大名之间的矛盾，逐步控制倭国，同时以倭国的僭越为由，为大明争取足够的利益就行了，要是真的动用大军征讨，朱翊釴认为还是有些得不偿失。
朱翊釴和李春芳等人的看法是相同的，大明现在的主要对手还是北方的俺答，这些蒙古人对大明的边防构成了严峻的威胁，在北方的威胁没有得到根本性的缓解之前，很多大明的臣子们都认为不应当动用大军征讨倭国。
这点朱载坖是同意的，没有必要在这个时候大规模征讨倭国，俺答现在气息奄奄，随时可能归天，大明必须将注意力放在土默特身上，但是对于倭国，朱载坖认为，不能够毫无动作，对于倭国要展示大明的力量，凌之以威，但是又不能真的给倭国太大的压力，使得倭国内部团结起来，所以朱载坖认为，使用水师是一个比较合理的办法。
朱翊釴对于水师并不重视，这也是现在很多大明官员的通病，他们都认为水师不过是为陆军打下手的，但是作为一个重要的军种，朱载坖决定这次动用水师展示大明的力量，同时给倭国施加压力，逼迫其屈服。
朱载坖首先召见了总理海军衙门大臣顺宁侯俞大猷，要求调集官军的大型战舰，以北洋水师为主力，前往倭国，对倭国进行威慑，从北洋、东海两水师中抽调两千料以上战舰六