明要做的第一件的就是对于宣大山西、陕西三边的官军整顿，加强战备，为俺答的去世和大明介入土默特部提供条件。
在朱载坖和练兵军务处、五军都督府、兵部、内阁、户部的商量之下，隆庆十三年正月十六日，就发布诏书，命令九边官军检查战备，尤其是军储、战马、军器等的储备情况，有不足的立即向朝廷上奏予以补足，而且将隆庆十三年的九边官军改编先予以暂停。
之前在宣大山西三镇实行的镇协军制在试行之后，得到了督抚和大将们的支持，这样可以减少冗兵，提高官军的战斗力，所以大明在之后又在宁夏、固原、甘肃三镇实行了镇协体制的改革，三镇都编设十二协，其中步骑炮协七个，骑兵协五个，本来按照计划，今年是准备在蓟镇、辽东、大宁和其余的九边各镇实行镇协体制的改革，但是这些都被紧急叫停了，九边转入临战状态，尤其是宣大等镇，要严密监视土默特部的情况，防止出现意外情况。
同时遣使积极和把汉那吉、三娘子沟通，陕西三边等处的官军，也要积极监视河套和青海的北虏，防止他们的异动。
诏令下达之后，朱载坖还命令对于京营、亲军诸卫进行检查，尤其是京营和亲军诸卫的骑兵部队，要查看战马情况，命令太仆寺向各镇官军、京营、亲军诸卫的骑兵补充战马，同时命令户部准备一笔银子，用作战费，不能动用，然后从京通仓提前调发粮秣等向宣大方向起运，从河南等地向陕西等镇预先调发粮秣，以备可能出现的战事。
当然，在这种情况之下，对于倭国的支持就要适当减少了，朱载坖通过密疏和徐渭商量今年朝廷在倭国的举动，朝廷短期内是不太可能再次向倭国增兵了，现有的兵力就是徐渭现在能够支配的全部兵力了，不仅如此，由于现在朱载坖也不能确定和土默特的冲突到底有多大，会持续多久，朝廷还需要徐渭从倭国尽可能多的转运金银铜料，以资军国之用。
所以朱载坖在给徐渭的密诏中要求徐渭今年不必对倭国采取更多的行动，主要是支持武田胜赖控制信浓，因为信浓出产大量的粮食，可以为官军提供粮秣，减少朝廷的后勤压力，朝廷也会继续向佐渡岛移民，迁移军户，大力开发佐渡岛上的金银矿，还有越后、甲斐的金银矿，也要大量的开采，以缓解朝廷的军费负担。
除此之外就是用大明的货物在倭国换取铜料、高品质的硫磺等对于大明来说稀缺的物资，总之来说，今年对于倭国，是尽可能的做到安静，等大明收拾完蒙古，再腾出手来收拾倭国。
而大明的册封使臣也从朝鲜抵达了