对于大明的边防策略，朱载坖决意恢复洪武时的策略，即“北虏乘时入寇，宜坚壁清野以待之，慎勿与战，使其进无所得，退有后虑，伏兵阻险，扼其归路，虏必可坐致矣。”
对于北虏，要以消灭北虏的有生力量为主，只要北虏没有足够的人力，对于大明是无法造成威胁。对于今后的北部边防，朱载坖认为，要在稳固防守基础上的主动进攻，以主动进攻所获取的成果进一步巩固防守。
在朱载坖命令练兵军务处处理这些事情的时候，戚继光的战报和派往云川卫的翰林医官的奏疏也已经抵达了京师，对于大明再次战胜蒙古人，京师的官员百姓反倒没有之前那么兴奋，有些习以为常了，不过真正令朱载坖感到担忧的，是翰林医官从云川卫发回的奏疏。
根据翰林医官的诊断，马芳已经是到了油尽灯枯，回天无术的境地了，尽管派去的翰林医官想尽办法，但是仍旧只是拖延时间罢了，所以翰林医官们向朱载坖汇报此事，请求朱载坖和朝廷早做准备，朱载坖于是叫来了陈矩，命令他立刻准备和马芳的次子马林一道赶赴云川卫，朱载坖让陈矩作为钦差，询问马芳还有什么心愿。
同时朱载坖发布上谕，令征虏副将军蓬莱侯戚继光护征虏大将军印，统率大军班师，同时马芳在太医的护送下从云川卫返回大明。
而由于戚继光和马芳在土默特歼灭了鄂尔多斯部的主力，李成梁在河套清剿蒙古部落的行动就相对比较顺利，现在李成梁已经基本将鄂尔多斯部的残部驱逐出河套，同时开始沿黄河修筑边堡，与东胜卫连接到一起，先形成一道边防线，再逐步构建纵深的防御。
之前朱载坖命令对黄台吉加以招抚之后，黄台吉向大明表示臣服，请求大明予以调停，朱载坖随即命令礼部和理藩院，向顺义王不他失礼下达命令，以大明的名义调停此事，大明明面上的理由是不忍见不他失礼、黄台吉兄弟阋墙，但是其实大家都很清楚，就是不愿不他失礼在土默特内部一家独大。
大明朝廷亲自下场调停，尽管三娘子有很多不满意的，但是她也不敢说和大明直接对抗，她只能以顺义王的名义向大明上疏，请求朝廷在划分住牧地的时候能够尽可能的倾向于土默特部，对于三娘子的上疏，朱载坖当即予以御批，表示肯定会优先满足三娘子的要求。
同时朱载坖以大明皇帝的名义赐予顺义王冠服、经书、茶叶等物品，李皇后以皇后名义赐予三娘子服饰、锦缎等物品，朱载坖还特地发布诏书，册封三娘子为忠顺夫人，权同处分土默特部事务，赐予印信，以朝廷的名义承认在