给南京守备丰城侯李儒下旨，要他严密南京城防，同时命令陆绎给南京锦衣亲军下令要严密看押这些钦犯，要是出了什么差错，涉事官校一律流放缅甸。
而奉朱载坖上谕的钦差浙直观察使严世蕃抵达南京之后，首先去拜会了督师南京大学士吕调阳，这位大学士相对比较温和，不似张居正和殷士儋在南京的时候，督促实施朝廷法令，绝对不留情面，他是有些和光同尘的，但是眼下出了这么大的事情，作为朝廷派驻的督师大学士，吕调阳的压力也很大，已经有不少言官上疏弹劾于他了，只不过因为现在大家的火力主要集中在劳堪的身上，在加上张居正一直在保他，所以现在还没有出事，但是他很清楚，要是此案再这么拖下去，自己这个督师大学士也没有好果子吃。
所以得知严世蕃来访，吕调阳赶紧亲自出来迎接，吕调阳对严世蕃执晚辈礼，问候道：“东楼公亲赴南都，此案不日即明矣！”
严世蕃并没有理会吕调阳的恭维，而是问道：“以吕阁老之见，此案可有端倪了？”
见严世蕃这么问他，吕调阳屏退下人，对严世蕃说道：“东楼公，以仆之愚见，虽不中，亦不远矣！”
虽然吕调阳没有明说，但是他和严世蕃都很清楚，这其中和东南的这些巨室豪门脱不了干系的，朱载坖这次特地命严世蕃来，也就是存了这个心思，经过朱载坖的几轮打击，东南的地主豪强势力已经远远大不如前了，从迁都以来几句膨胀的士绅地主阶层也被朱载坖严厉的打击了，但是他们在一些特殊的领域仍旧有很大的影响力，这次严世蕃来也就是为了此事。
严世蕃向吕调阳了解的情况之后，就以钦差大令召劳堪、张学颜赴南京商讨办案。
而在京师，自从朱载坖任命严世蕃为钦差浙直观察使之后，各级官员们的上疏就没有断过，对于朱载坖任命严世蕃为钦差，不管是科道官员还是出身东南的官员，甚至是部分清流，都感觉到无法容忍了，严世蕃又不是科甲出身，官拜工部尚书就已经是非常之离谱了，朱载坖还派他担任钦差，查察如此大案，大明朝是找不出人了吗？要严世蕃一个荫官出身的人担任钦差。
对于这些奏疏，朱载坖一概留中，不予理会，没想到他们上疏越发的肆无忌惮，不仅仅因为此事弹劾左都御史海瑞，甚至首辅张居正也被牵连进来，尤其是御史江东之、羊可立等人，上疏言辞激烈，朱载坖认为，不给他们一点颜色看看，很久没有庭杖，他们可能又忘了午门不仅可以开朝会，还能庭杖是吧。
朱载坖当即吩咐锦衣亲军都指挥使陆绎，拿捕上