人类勇闯禁区的殊死搏杀，thekeymaker难逃被agent（特工）半途劫掠的厄运（意识简单的agent犯了一个错误，他以为thekeymaker是没有用途、待将删除的程序，但thekeymaker坚持说他自有自己的用途；这是因为thekeymaker和neo一样，属于升级程序的一部份，他们的重要性均不为agent所知），这在某种意义上标志着人机之爱达到了一个前所未有的高度。
遵循剧情编排的逻辑，第二集在导演沃卓斯基兄弟的意图中只是铺垫和过渡，没有太剧烈的高潮，着力于对转折点--neo毅然选择去救trinity--的渲染上。故事的精巧在于，影片从已具有预感能力的neo的一场噩梦开始，neo请求trinity无论如何都不要进入matrix；但最后形势逼迫，trinity为援救neo，奋不顾身杀入matrix，使得neo在转折处带有刻不容缓的紧迫性和几近爆炸性的感情迸发。至于影片的结尾处，neo在真实世界以血肉之驱只手毙倒电子乌贼，而后昏厥过去，一句“我能感受他们“证实了neo的程序属性。
容易被忽略而又与下一集紧密相关的内容是：机器国度的暴政--机器在机器的统治下，也是没有选择权的（包括theone），程序只为目的而活，无用者将遭到删除的命运。所以到第二集结束止，敢于起身反抗暴政的只有三个程序：oracle、seraph（先知的守护保镖）与theone。到了第三集，我们才看到有更多程序的自我意识觉醒：rama和他的妻子，以及他们的小女儿sati（未来的matrix管理员），在革命之前，他们仅有一种选择：借merovingian地下势力偷渡出01城（机器城）--这其实与人类在暴政国家生活的境况岂不是一样？！
五、故事的高潮和结局：《matrix3：revolutions》
哪里有暴政，哪里就有革命；革命一旦发生，就不是革命的领袖--oracle--所能控制的；革命的结果也不必然是胜利：不是机器的进化，就是两败俱伤。影片就这样带着沉重得让人透不过气来的悬疑逐渐进入到高潮。
由于在《matrix2》中出现了与前五次不同的波折，neo被merovingian窃取了代码，囚禁在火车站中，oracle不得不冒生命危险再次现身（她由于领导这次革命，已成了巅覆机器国度的反动派，同时遭到merovingian和thearchitect