任theone大体相同，因此作为故事，其中最有趣、也最值得叙述的就是已经具有爱的属性的neo与前五位theone的区别之处。请大家在阅读下文以及观看影片时，在心中时刻保持着这种比较。
在人类即将遭到毁灭的恐怖前景下，neo、morpheus和trinity杀回matrix，寻找oracle；与此同时，matrix第六次升级也即将开始，与升级有关的oracle、thekeymaker（开锁匠）也遭到抗拒升级的merovingian（法国人）的追杀和封锁。neo与oracle在危机四伏的环境中秘密会面。此时，theone的属性已经改变，oracle虽然争取到了neo，但却无法控制neo下一步的行动，所以她在照例指明theone去夺取thekeymaker之前，则以长篇谈话暗示neo，你已被改变，你就要作出去营救trinity的选择，但你必须认清自己的使命：你也是程序之一，你必将回到源程序。
以后的剧情讲叙故事发展必须交待的两件大事：一是跟随neo，我们首次看到了zion的人类生活实景，在整个旅程中，neo带着对trinity的无限深情俯视爱人生活的美好家园，没有这片土地，他的爱也就不复存在。
第二件事就是夺取被merovingian囚禁的thekeymaker。请留意merovingian与情妇persephone合谋演戏窃取theone代码的一场戏（这是neo在第三集里被merovingian囚禁的原因）。若比较前五位theone，可以想到，如果没有neo对trinity的爱，索吻一幕绝对不可能发生（persephone要求neo必须吻得象吻trinity一样深）。
换而言之，这是机器国度保守势力第一次偷到了theone的代码，以为可以就此阻止matrix的第六次升级。这当然超出了oracle与thearchitect（架构师）的预想，为革命投下一道不详的阴影。
在接下来紧张刺激的“高速公路追逐戏“中，也许前五次也曾发生过类似一幕，但请观众留意，这居然是merovingian首次发现theone虽能抵挡子弹却仍能为刀剑所伤，遂以一场群殴围困住了neo，结果morpheus和trinity为代表的人类是在没有neo的帮助下孤身闯关，这既是出于对neo的爱情和友情，也在战斗中表现出力拼人类最后一线生机的英雄气慨。若这里没有